تعیین موقعیت فیلوژنیک بر اساس جدیدترین استاندارد بین المللی ARB و کنترل کیفیت توالی16S rRNA بر اساس ویژگی‌های ساختار دوم و ساختارهای حفاظت شده
به گزارش مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران در خصوص راه اندازی این دو خدمت جدید گفت: “بنا بر اعلام کمیته بین‌المللی سیستماتیک پروکاریوت‌ها، تعیین موقعیت فیلوژنتیک یکی از …
به گزارش مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران در خصوص راه اندازی این دو خدمت جدید گفت: "بنا بر اعلام کمیته بین‌المللی سیستماتیک پروکاریوت‌ها، تعیین موقعیت فیلوژنتیک یکی از الزامات شناسایی پلی‌فازیک میکروارگانیسم‌ها است. استفاده از سیستم ARB و پایگاه‌های داده SILVA و LTP صحیح‌ترین روش رسم درخت فیلوژنتیک بوده و توسط این کمیته به عنوان دقیق‌ترین روش بین‌المللی استاندارد معرفی شده است. این سیستم از ویژگی‌های حفاظت شده توالی و ساختار ژن‌های ریبوزومی به منظور هم‌راستا‌سازی توالی‌ها و مشخص کردن موقعیت فیلوژنتیک سویه استفاده می‌کند."
وی افزود: استفاده از این سیستم‌ها برای اولین بار در خاورمیانه در مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران راه‌اندازی شده و به صورت خدمات ارائه می‌شود. مجموعه نرم‌افزاری ARB با داشتن ابزارهای مناسب و گروه‌های داده‌ای آن، امروزه در سراسر جهان به عنوان روشی استاندارد برای آنالیز داده‌های rRNA در حجم انبوه پذیرفته شده است به طوری که نخستین مقاله این پروژه که در سال 2004 توسط Ludwing و همکارانش منتشر شده است تا کنون بیش از 2800 بار در انتشارات معتبر علمی رفرنس داده شده است.
فاضلی در خصوص خدمت کنترل کیفیت توالی 16S rRNA بر اساس ویژگی‌های ساختار دوم و ساختارهای حفاظت شده خاطر نشان کرد: "شرط اولیه صحیح بودن هر آنالیز، صحت و دقت مناسب داده‌های ورودی آن است. خطاهای ناشی از بدخوانش توالی‌های DNA در بسیاری از موارد منجر به برآورد نادرست از ارتباطات فیلوژنتیک و حتی سرمایه‌گذاری مالی، علمی و زمانی غیر مفید در شناسایی گونه‌های جدید میکربی می‌شود. در این ارتباط از آخرین ویرایش‌های نرم افزار ARB (نوامبر 2011) و پایگاه‌های داده ( جولای 2012) مطابق با آخرین استانداردهای اعمال شده استفاده می‌شود تا خطاهای خوانشی که بر اساس ساختار دوم و یا ویژگی‌های حفاظت شده ساختاری در محصولات ژن‌های rDNA قابل ردیابی هستند، شناسایی شوند.
وی تصریح کرد راه اندازی این دو خدمت در حوزه شناسایی میکروارگانیسم‌ها، گام دیگری در زمینه قطع وابستگی به کشورهای خارجی و کمک به پژوهشگران داخلی است.
گفتنی است این مرکز آمادگی کامل دارد تا این دو خدمت را به جامعه پژوهشی و پژوهشگران ارائه نماید.
مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران