بررسی واریانت ژن‌های تولید مثلی و عملکردی اسب کاسپین با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم
تهیه و تنظیم: بنفشه درویش‌روحانی- بابک عارف‌نژاد در جلسه دفاع از رساله دکترای خود گفت: “اسب کاسپین بیشترین همانندی چند شکلی نوکلئوتیدی را با اسب کردی و اصیل ایرانی دارد”. وی که متخصص فیزیولوژی از دانشگاه تهران است به شناسایی و بررسی در مورد واریانت …
بابک عارف‌نژاد در جلسه دفاع از رساله دکترای خود گفت: "اسب کاسپین بیشترین همانندی چند شکلی نوکلئوتیدی را با اسب کردی و اصیل ایرانی دارد".
وی که متخصص فیزیولوژی از دانشگاه تهران است به شناسایی و بررسی در مورد واریانت ژن‌های تولید مثلی و عملکردی اسب کاسپین با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم پرداخته است. این پژوهش با راهنمایی دکتر حسینی سالکده و دکتر کهرام انجام شده است.
عارف‌نژاد در بخشی از سخنرانی خود گفت: "اسب مینیاتوری کاسپین یکی از کهن‌ترین نژادهای اسب در دنیاست و این نژاد به عنوان جد اولیه اسب‌های خونگرم دنیاست. قدمت این اسب به سه هزار سال قبل از میلاد مسیح می‌رسد. در شواهد باستانی ایران برروی نگاره‌ها، خطوط و مهرهای هخامنشی عکس این اسب قرار داده شده است".
به گفته وی در جهان بیش از پانزده انجمن ملی حمایتی از این نژاد وجود دارد و انجمن جهانی آن در انگلیس بنیانگذاری شده است. در ایران حدود 150 رأس از این اسب ثبت جهانی شده است. او در ادامه گفت: " به علت میزان کم جمعیت در این نژاد از اسب‌ها، تنوع ژنتیکی زیادی از دست رفته است".
وی هدف از انجام این پژوهش را علاوه بر بومی‌سازی تجزیه و تحلیل‌هایی با وسعتی در سطح ژنوم، شناسایی واریانت‌های تک نوکلئوتیدی و واریانت‌های ساختاری ژنوم اسب و همچنین شناسایی واریانت‌ها در ژن‌های تولید مثلی و برخی از ژن‌های عملکردی و مقایسه آن‌ها با واریانت‌های داخلی و یا خارجی که تاکنون شناسایی شده‌اند عنوان کرد.
او افزود: "ژنوم اسب اولین بار در سال 2009 توسط موسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان (National Human Genome Research Institute) و با استفاده از تکنولوژی‌هایی که در پی پروژه توالی‌یابی ژنوم انسان گسترش پیدا کردند؛ توالی‌یابی شد". با گسترش نسل جدید تکنولوژی‌های توالی‌یابی با کار‌آیی زیاد (Next Generation Sequencing Technology)، توالی‌یابی ژنوم در بسیاری از گونه‌ها با هزینه بسیار ارزان‌تر و کارآمدتر انجام می‌شود.
وی در مورد نتایج حاصل از این پژوهش گفت: "اسب مینیاتوری کاسپین ویژگی‌های منحصر به فردی در بخش‌های توالی‌های ژنومی دارد و با بررسی‌های De novo مشخص شد که این اسب دارای ویژگی‌هایی است که در ژنوم توالی‌یابی شده وجود نداشتند. بررسی همانندی چندشکلی‌های تک‌نوکلیوتیدی نشان داد که از بین همه ژنوم‌های نژادهای ایرانی، اسب کاسپین کمترین همانندی چند شکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی را با اسب ترکمن و بیشترین آن را با اسب نژاد کردی و اصیل ایرانی داشت. اسب مینیاتوری کاسپین یک کلاستر متفاوتی را برای واریانت‌های بخش‌های ژنی به ویژه ژن‌های تولید مثلی دارد".
وی در پایان، از طراحی پایگاه اطلاعاتی منحصر به فردی رونمایی کرد که در برگیرنده تمام واریانت‌های شناخته شده و همچنین جدید در اسب‌های ایرانی، خارجی و تمام بخش‌های ژنی و غیرژنی مرتبط با آن‌هاست و به زودی در دسترس همگان قرار خواهد گرفت.
وی که متخصص فیزیولوژی از دانشگاه تهران است به شناسایی و بررسی در مورد واریانت ژن‌های تولید مثلی و عملکردی اسب کاسپین با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم پرداخته است. این پژوهش با راهنمایی دکتر حسینی سالکده و دکتر کهرام انجام شده است.
عارف‌نژاد در بخشی از سخنرانی خود گفت: "اسب مینیاتوری کاسپین یکی از کهن‌ترین نژادهای اسب در دنیاست و این نژاد به عنوان جد اولیه اسب‌های خونگرم دنیاست. قدمت این اسب به سه هزار سال قبل از میلاد مسیح می‌رسد. در شواهد باستانی ایران برروی نگاره‌ها، خطوط و مهرهای هخامنشی عکس این اسب قرار داده شده است".
به گفته وی در جهان بیش از پانزده انجمن ملی حمایتی از این نژاد وجود دارد و انجمن جهانی آن در انگلیس بنیانگذاری شده است. در ایران حدود 150 رأس از این اسب ثبت جهانی شده است. او در ادامه گفت: " به علت میزان کم جمعیت در این نژاد از اسب‌ها، تنوع ژنتیکی زیادی از دست رفته است".
وی هدف از انجام این پژوهش را علاوه بر بومی‌سازی تجزیه و تحلیل‌هایی با وسعتی در سطح ژنوم، شناسایی واریانت‌های تک نوکلئوتیدی و واریانت‌های ساختاری ژنوم اسب و همچنین شناسایی واریانت‌ها در ژن‌های تولید مثلی و برخی از ژن‌های عملکردی و مقایسه آن‌ها با واریانت‌های داخلی و یا خارجی که تاکنون شناسایی شده‌اند عنوان کرد.
او افزود: "ژنوم اسب اولین بار در سال 2009 توسط موسسه ملی تحقیقات ژنوم انسان (National Human Genome Research Institute) و با استفاده از تکنولوژی‌هایی که در پی پروژه توالی‌یابی ژنوم انسان گسترش پیدا کردند؛ توالی‌یابی شد". با گسترش نسل جدید تکنولوژی‌های توالی‌یابی با کار‌آیی زیاد (Next Generation Sequencing Technology)، توالی‌یابی ژنوم در بسیاری از گونه‌ها با هزینه بسیار ارزان‌تر و کارآمدتر انجام می‌شود.
وی در مورد نتایج حاصل از این پژوهش گفت: "اسب مینیاتوری کاسپین ویژگی‌های منحصر به فردی در بخش‌های توالی‌های ژنومی دارد و با بررسی‌های De novo مشخص شد که این اسب دارای ویژگی‌هایی است که در ژنوم توالی‌یابی شده وجود نداشتند. بررسی همانندی چندشکلی‌های تک‌نوکلیوتیدی نشان داد که از بین همه ژنوم‌های نژادهای ایرانی، اسب کاسپین کمترین همانندی چند شکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی را با اسب ترکمن و بیشترین آن را با اسب نژاد کردی و اصیل ایرانی داشت. اسب مینیاتوری کاسپین یک کلاستر متفاوتی را برای واریانت‌های بخش‌های ژنی به ویژه ژن‌های تولید مثلی دارد".
وی در پایان، از طراحی پایگاه اطلاعاتی منحصر به فردی رونمایی کرد که در برگیرنده تمام واریانت‌های شناخته شده و همچنین جدید در اسب‌های ایرانی، خارجی و تمام بخش‌های ژنی و غیرژنی مرتبط با آن‌هاست و به زودی در دسترس همگان قرار خواهد گرفت.
تهیه و تنظیم: بنفشه درویش‌روحانی