تعیین موقعیت فیلوژنیک بر اساس جدیدترین استاندارد بین المللی ARB و کنترل کیفیت توالی16S rRNA بر اساس ویژگی‌های ساختار دوم و ساختارهای حفاظت شده
به گزارش مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران در خصوص راه اندازی این دو خدمت جدید گفت: “بنا بر اعلام كميته بين‌المللي سيستماتيك پروكاريوت‌ها، تعيين موقعيت فيلوژنتيك يكي از …
به گزارش مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران، دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی، رئیس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران در خصوص راه اندازی این دو خدمت جدید گفت: "بنا بر اعلام كميته بين‌المللي سيستماتيك پروكاريوت‌ها، تعيين موقعيت فيلوژنتيك يكي از الزامات شناسايي پلي‌فازيك ميكروارگانيسم‌ها است. استفاده از سيستم ARB و پايگاه‌هاي داده SILVA و LTP صحيح‌ترين روش رسم درخت فيلوژنتيك بوده و توسط اين كميته به عنوان دقيق‌ترين روش بين‌المللي استاندارد معرفي شده است. اين سيستم از ويژگي‌هاي حفاظت شده توالي و ساختار ژن‌هاي ريبوزومي به منظور هم‌راستا‌سازي توالي‌ها و مشخص كردن موقعيت فيلوژنتيك سويه استفاده مي‌كند."
وی افزود: استفاده از اين سيستم‌ها براي اولين بار در خاورميانه در مركز ملي ذخاير ژنتيكي و زيستي ايران راه‌اندازي شده و به صورت خدمات ارائه مي‌شود. مجموعه نرم‌افزاري ARB با داشتن ابزارهاي مناسب و گروه‌هاي داده‌اي آن، امروزه در سراسر جهان به عنوان روشي استاندارد براي آناليز داده‌هاي rRNA در حجم انبوه پذيرفته شده است به طوري كه نخستين مقاله اين پروژه كه در سال 2004 توسط Ludwing و همكارانش منتشر شده است تا كنون بيش از 2800 بار در انتشارات معتبر علمي رفرنس داده شده است.
فاضلی در خصوص خدمت کنترل کیفیت توالی 16S rRNA بر اساس ویژگی‌های ساختار دوم و ساختارهای حفاظت شده خاطر نشان کرد: "شرط اوليه صحيح بودن هر آناليز، صحت و دقت مناسب داده‌هاي ورودي آن است. خطاهاي ناشي از بدخوانش توالي‌هاي DNA در بسياري از موارد منجر به برآورد نادرست از ارتباطات فيلوژنتيك و حتي سرمايه‌گذاري مالي، علمي و زماني غير مفيد در شناسايي گونه‌هاي جديد ميكربي مي‌شود. در اين ارتباط از آخرين ويرايش‌هاي نرم افزار ARB (نوامبر 2011) و پايگاه‌هاي داده ( جولاي 2012) مطابق با آخرين استانداردهاي اعمال شده استفاده مي‌شود تا خطاهاي خوانشي كه بر اساس ساختار دوم و يا ويژگي‌هاي حفاظت شده ساختاري در محصولات ژن‌هاي rDNA قابل رديابي هستند، شناسايي شوند.
وی تصریح کرد راه اندازی این دو خدمت در حوزه شناسایی میکروارگانیسم‌ها، گام دیگری در زمینه قطع وابستگی به کشورهای خارجی و کمک به پژوهشگران داخلی است.
گفتنی است این مرکز آمادگی کامل دارد تا این دو خدمت را به جامعه پژوهشی و پژوهشگران ارائه نماید.
مرکز اطلاعات بیوتکنولوژی ایران