ارزیابی فنوتیپی و ژنوتیپی برخی جدایه‌های باکتری عامل بیماری خوشه صمغی گندم و جو در ایران

سحر نیک اختر، حشمت الله رحیمیان، ولی الله بابایی زاد / مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره 8، شماره 1، بهار 1395

کد مطلب: 9156 در 26 آذر 1396 0

مجله بیوتکنولوژی کشاورزی، دوره 8، شماره 1، بهار 1395، صفحه 139-156 اصل مقاله (1127 K)
نوع مقاله: مقاله پژوهشی
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22103/jab.2016.1424
نویسندگان
سحر نیک اختر ¹؛ حشمت الله رحیمیان²؛ ولی الله بابایی زاد³
¹دانشجوی سابق کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
²استاد گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری
³استادیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری تاریخ دریافت: 12/02/1394، تاریخ پذیرش: 03/05/1394
چکیده
بیماری خوشه صمغی از بیماری‌های گندم در مناطق متعددی از کشت این محصول در ایران می‌باشد. گونه Rathayibacter iranicus به عنوان عامل این بیماری بر روی گندم و جو تاکنون فقط از ایران گزارش شده است. به منظور ارزیابی تنوع احتمالی جدایه‌های گونه‌ی R. iranicus و نیز مشخص‌تر نمودن موقعیت تاکسونومیکی جدایه‌های عامل بیماری در جو نمونه‌هایی از استان‌های آذربایجان شرقی، ایلام، اصفهان، فارس و خوزستان جمع آوری و کشت شد. بر اساس نتایج آزمون‌های بیوشیمیایی و نقوش الکتروفورزی پروتئین‌های سلولی، پانزده جدایه به عنوان نماینده برای بررسی‌های ژنوتیپی انتخاب شدند. برای تعیین میزان تنوع و ارتباط ژنتیکی جدایه‌ها، DNA ژنومی نماینده‌ها با آغازگرهای ریز ماهواره‌ای M13 و ₅(GTG) تکثیر شد. قطعه‌ ژن‌های خانه دار شامل 16S rDNA، recA و gyrB و همچنین ناحیه ITS تعدادی از جدایه‌ها تکثیر و توالی یابی شد. نتایج تعدادی از آزمون‌های افتراقی فنوتیپی با آنچه در منابع قبلی ذکر شده بود مطابقت نداشت. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی به وسیله‌ی ریز ماهواره‌ها حاکی از وجود تنوع در بین جدایه‌ها بود. مقایسه‌ی ترکیبی نقوش حاصل از این آغازگرها شباهت بالایی را بین جدایه‌ها و جدایه‌ی مرجع R. iranicus نشان داد. جدایه‌های جو نیز در شاخه‌ای مجزا ولی نزدیک به گروه جدایه‌ی R. iranicus و در فاصله‌ای دور از دو گونه‌ی R. tritici و R. rathayi قرار گرفتند. مقایسه توالی‌های به دست آمده از ژن‌های ITS، 16SrDNA، gyrB و recA با توالی‌های موجود در ژن بانک نشانگر بیشترین شباهت جدایه‌های گندم و جو به R. iranicus بود.
کلیدواژه ها
خوشه صمغی؛ Rathayibacter؛ ریز ماهواره؛ ژن‌های خانه داری